Utrikespolitiska institutet leds av en styrelse som väljs av riksdagen. Styrelsemedlemmar är minister Antti Tanskanen (ordförande), politices doktor Kimmo Kiljunen, professor Liisa Laakso, ambassadör Päivi Luostarinen, riksdagsledamot Pirkko Mattila, minister Ilkka Suominen, statssekreterare Riiina Nevamäki (arbets- och näringsministeriet), professor Mikko Viitasalo och rektorn för Helsingfors universitet Thomas Wilhelmsson.

Institutets styrelse besluter bl.a. om institutets ekonomi och forskningsprogram. Institutets forskare genomför programmet i enlighet med den vetenskapliga autonomin. Styrelsen utnämner även institutets direktör.