Utrikespolitiska institutet grundades 1961 på initiativ av Paasikivi-Samfundet och verkade fram till slutet av 2006 som en privat institution med statsunderstöd upprätthållen av Stiftelsen för utrikespolitisk forskning. I sin forskning var institutet oavhängigt av partier och statsförvaltning. Stiftelsen för utrikespolitisk forskning erhöll statsunderstöd från undervisningsministeriet. Dessutom skaffade institutet finansiering från andra källor.

Paasikivi-Samfundet fattade beslutet att grunda Stiftelsen för utrikespolitisk forskning i november 1959. Det var samfundets ambition att göra institutet till ett av Paasikivi-Samfundet politiskt oavhängigt organ, som bedriver forskning och ger impulser för den upplysta samhällsdebatten. Stiftelsen utnämnde Jaakko Iloniemi till ombud och till en början söktes tilläggsfinansiering inom företagsvärlden. Det stöd som företagen gav förblev emellertid knappt och först efter att undervisningsministeriet beviljat stiftelsen ett stöd på 500 000 mark kunde institutet påbörja sin verksamhet i augusti 1961.

Utrikespolitiska institutet fick sin första chef, Osmo Apunen, 1965 men tjänsten var inte ännu då en heldagstjänst. Tyngdpunkten i verksamheten låg i tillfälligt sammansatta arbetsgrupper. Institutet inledde medelanskaffningen för grundandet av ett bibliotek och startade tillsammans med Tammi publikationsserien Maailma tänään (Världen i dag).

Tidningen Ulkopolitiikka (Utrikespolitik) som Paasikivi-Samfundet grundade upphörde att utkomma 1968. Tidningen väcktes till liv igen 1972 men nu av Utrikespolitiska institutet. Institutet fick samma år en direktör på heltid och en informatör till följd av förhöjt statsstöd. Jaakko Kalela valdes till direktör. Han blev emellertid mycket snart tjänstledig och tjänsten övertogs av informatören Kari Möttölä.

Utmärkande för forskningsinstitutet var en alltmer målmedveten ambition att profilera sig som en forskningsanstalt. Institutet angav tre tyngdpunktsområden som det skulle inrikta sig på. Dessa var utrikespolitik, neutralitet samt utrikespolitikens allmänna teori och andra länders utrikespolitik. Institutet fick en forskare på heltid först 1987. Institutets tillväxt tog fart på allvar då Paavo Lipponen blev direktör 1989.

Diskussioner om att förstatliga institutet fördes redan kring decennieskiftet 1970­–1980 då det fanns planer på att underställa institutet riksdagen eller undervisningsministeriet. År 2006 överfördes rätten att förvalta institutet från Stiftelsen för utrikespolitisk forskning till Finlands riksdag.

Riksdagen beslöt att i samband med firandet av sitt hundraårsjubileum grunda i nära anslutning till sig ett institut för forskning av internationella relationer och EU-frågor.

Den lag som gäller det nya utrikespolitiska institutet utgjorde en del av enkammarriksdagens 100-årsjubileum. Riksdagen antog 1.6.2006 vid sitt 100-årsjubileumsplenum lagen om ett forskningsinstitut för internationella relationer och EU-frågor, vilken trädde i kraft 1.7.2006. Genom denna lag övertog det nya institutet ansvaret för det tidigare institutets uppgifter och inledde sin verksamhet 1.1.2007. Institutet använder fortfarande namnet Utrikespolitiska institutet. Det nya utrikespolitiska institutet leddes först av direktör Raimo Väyrynen (2007–2009), och nu sedan år 2010 av direktör Teija Tiilikainen. 

Tidigare direktörer för institutet är Tapani Vaahtoranta (1991–2007), Tuomas Forsberg (under Vaahtorantas tjänstledighet 1998–2001), Paavo Lipponen (1989–1991), Kari Möttölä (1973–1988), Jaakko Kalela (1972–1973) och Osmo Apunen (1965–1972).

Som källor har använts bl.a. Mikko Metsämäkis artikel ”UPI:n oppivuodet. Informaation välittäjästä tutkimusinstituutiksi”, som publicerats i tidningen Ulkopolitiikka 3/2001 samt institutets verksamhetsberättelse 2006.