Euroopan unioni -ohjelman tutkimus keskittyy seuraaviin teemoihin:

 

1) EU:n ulko-, turvallisuus- ja puolustuspolitiikka

2) EU:n sisäinen turvallisuus

3) EU:n laajentuminen ja naapuruuspolitiikka

4) EU:n institutionaalinen kehitys ja päätöksenteko

 

Ulko-, turvallisuus- ja puolustuspolitiikkaa tarkastellaan ohjelmassa osana unionin ulkosuhteita. EU:n toisena osapuolena voi olla alue, suurvalta tai kansainvälinen järjestö, esimerkiksi Nato tai YK. EU:n sisäisen turvallisuuden teema sisältää muun muassa terrorismin ja maahanmuuttopolitiikan tutkimuksen. EU:n laajentumis- ja naapuruuspolitiikan tarkastelussa keskitytään Turkin jäsenyysneuvotteluihin, Länsi-Balkaniin ja EU:n Kosovo-operaatioon, Itäiseen kumppanuuteen ja Välimeren unioniin. EU:n institutionaalisen kehityksen ja päätöksenteon tutkimus painottuu Lissabonin sopimuksen toimeenpanoon. Esillä ovat muuan muassa demokratian toteutuminen EU:ssa ja EU:n ulkosuhdehallinto.      

 

EU-ohjelman tutkimus pyrkii tukemaan poliittista päätöksentekoa ja palvelemaan laajaa yleisöä. Tutkimusohjelma on vahvasti verkottunut Eurooppaan ja pyrkii jatkuvasti vahvistamaan ja laajentamaan yhteistyösuhteitaan. Instituutin EU-tutkimus ei rajoitu EU-ohjelmaan, sillä monet aiheista ovat luontaisesti ohjelmien välisiä – esimerkiksi EU:n ilmastopolitiikka, EU:n suhteet Venäjään ja transatlanttiset suhteet.